此次检查重点将集中对疑点企业2014年至2016年度的增值税和企业所得税进行检查，发现重大税收违法行为线索的，追溯到以前年度。专项整治将重点稽查疑点企业涉及的非药品亏本销售、非药品无进有出、非药品有进无出、违规取得进项发票、违规开具销项发票、药品亏本销售、药品无进有出、药品有出无进等各类行为。稽查阶段将通过对疑点数据的详细核查，掌握其成因和证据链，运用责令限期提供涉税资料等手段，采取相应措施、协助执行及税收保全等有效措施，最大限度挽回税款损失。同时要通过涉税违法手段的总结，分析医药行业涉税违法成因和特点，提出应对策略和防范建议。
此外，对违法情节严重又拒不接受处理的纳税人，列入税收黑名单并推送联合惩戒平台进行联合惩戒。