九州通在年报里表示，公司已与腾讯微信展开一系列深入合作，开发实现了微信到线下药店的O2O“药急送”的业务功能，这也是医药行业与微信支付的首次亲密接触。
针锋相对的是，与九州通几乎同时进入移动支付领域的竞争对手海王星辰连锁药店，则在今年4月底选择了与支付宝达成战略合作。
资料显示，2013年中国医药B2C继续呈爆发式增长，全年交易规模达42.6亿元，与2012年16亿元的交易规模相比，增长了166%。其中，平台式B2C交易规模达到25.8亿元，占比50.56%；自主式医药B2C网站（医药B2C）的交易规模全年为16.8亿元，占比39.44%。
医药电商化的脚步随着“双马之战”以不可阻挡之势渐行渐近。
牵手双马
早在今年2月下旬，就有媒体曝出九州通与腾讯合作，不过九州通一直予以否认。
九州通旗下的好药师网站是市场传闻的主角。2011年7月，京东注资九州通旗下的北京好药师大药房连锁有限公司，注资完成后，京东商城将与好药师以合资公司的形式共同运营。不过由于合作陷入风波，去年8月份京东将所持49%好药师股权全部转让给九州通，交易价格不低于4.7亿元。当时京东对这笔交易回应称，九州通与京东合作正常，京东好药师的相关配送仍是京东。
不过在2013年年报中，九州通称将自己的医药电商业务发展与各大电商平台进行对接，但是针对与微信支付的合作则是实质性的进展。
九州通在年报中称：除了在公司官网好药师网站自主进行销售，公司还在京东商城、天猫、1号店、库巴、当当、亚马逊上开设网上药店。此外，公司还在京东SOPL、京东SOP、天猫等开通第三方商家交易业务平台。报告期内，公司旗下好药师线上业务与微信进行了业务合作，报告期末陆续开通了微信订阅号“好药师健康资讯”和微信服务号“好药师”。
而其竞争对手海王星辰也与阿里巴巴进行了深度合作。海王星辰是目前国内直营门店数最多的跨区域连锁药店，全国门店共计2000多家。依照这家公司此前披露的说法，其在杭州和深圳地区的600家门店已经率先接入条码支付，用户结账时，只要打开手机上的支付宝钱包，选择“条码支付”功能并出示手机，让收银员用条码枪扫描，就可以完成付款。
海王星辰也是国内首批建立成熟会员体系和涉水O2O的医药企业，它获得了药监部门核发的《互联网
药品交易服务资格证》，现在则成为接入支付宝的首家
医药零售商。
此间，阿里巴巴还联手云锋基金对中信21世纪进行总额1.7亿美元的战略投资。阿里巴巴之所以斥重金入主21世纪，旨在拿到21世纪旗下河北慧眼医药科技有限公司95095医药平台的网上药品交易牌照。
业内人士称，海王星辰与九州通虽然一个是药店零售企业，一个是医药配送企业，但是如今却通过移动电商成为了势均力敌的对手，其背后的竞争实际上是微信支付与支付宝支付在移动端的较量。