由于2009版《国家基本药物目录》对品种总数限制过于严格，因此遴选更侧重于主流人群，使得大部分妇女、儿童等特殊人群常用药物未进入基药目录，导致基层医院医生面对一些妇科儿科常见病无药可用。妇科用药中，临床常用的中成药妇科用药仅有8个品种入围。适合儿童服用的药物的剂型更少，化学药部分明确标明儿童使用的具体用量只有5个品种，中成药仅有小儿消积止咳口服液1个小儿专用品种，在儿童感冒、咳嗽、健脾消食等中成药优势领域都缺乏儿童专用药物。因此，业内人士呼吁新版基药目录能大幅增加妇科儿科用药。
相关部门显然关注到了业界的呼声，2012版基本药物目录较原版目录妇科产科用药明显增加，新增4个化药品种和12个中成药品种，其中中成药品种增幅达150%。针对原基药目录缺少儿科用药和儿童专用剂型的问题，本次新版基药目录对儿童用药的关注明显增强，目录中可用于儿童的药品近200种，其中儿童专用剂型、规格70余个，涵盖颗粒剂、口服溶液剂、混悬液、干混悬剂等适宜剂型。多个儿童专用药进入基药目录，特别是中成药目录，有10个品种属于儿科专用药，如小儿宝泰康颗粒、小儿热速清口服液、小儿化毒散等。
妇科用药：
畅销独家品种入围
根据广州市妇女儿童医疗中心体检中心此前公布的一组数据，广州市妇女的阴道炎、宫颈炎、子宫肌瘤等常见妇科病的患病率平均分别为13.43%、21.03%、10.58%，并呈现明显上升趋势。疾病发病率的日益增高使得临床妇科用药的需求逐年提升。由于中成药副作用小，适于长期用药，适应妇科疾病容易复发的特点，临床上妇科中成药用药市场快速增长，占据了大部分份额，尤其是OTC领域，几乎被中成药完全占据。
在妇科用药市场，OTC占据三分之二的市场份额，主要用药集中在妇科炎症和调经养血用药领域；而医院市场尽管规模小于OTC，但在妇科血瘀证（如肿块、增生等）市场用药则集中在医院市场。随着基药制度执行范围的扩大，妇科消炎和调经养血的部分临床常用药进入基药目录，将使得一部分OTC市场转向基层医院市场。
根据南方医药经济研究所中成药样本医院销售数据库，临床妇科中成药一直保持较快增长速度，2011年样本医院销售额达到10.55亿元，同比增长27%。三大细分市场中，调经养血和妇科血瘀证用药市场增速较快，而妇科炎症用药增速趋缓。品种方面，成都时代第一制药独家生产的益母草注射液是医院市场最畅销的妇科产品，2011年样本医院销售达3487万元，排名第二至第五位的分别是桂枝茯苓胶囊、保妇康栓、红核妇洁洗液和丹黄祛瘀胶囊。
2012版基药目录新增了12个妇科中成药。在丰富品种的同时，妇科基药市场规模也大幅扩大。根据南方所数据库，2009版基药目录的8个妇科产品2011年样本医院销售额合计仅为2421万元，绝大部分产品缺乏市场竞争力；2012版基药新增的12个品种更侧重于临床实际需求，临床常用的大部分妇科品种入围，增补的12个品种样本医院销售额达到10,297万元。
妇科中成药市场OTC领域和处方药领域有着明显的区别，OTC市场更青睐千金片、花红片等广告产品，而在处方药市场，销量位居前列的普遍是一些推广能力较强的中药独家品种，如桂枝茯苓胶囊、保妇康栓、葆宫止血颗粒和坤泰胶囊4个基药品种