中央财政对投入力度进一步加大，支持全国事业发展专项资金达到59.5亿元，创新中国成立以来新高。“十一五”以来，尤其是2009年深化
医药卫生体制改革正式启动后，国家发展改革委、财政部等有关部门不断加大投入力度，中央财政支持全国事业发展专项资金从2006年的5.8亿元持续增长到2011年的近60亿元。中央财政投入力度之大，覆盖范围之广，是国家管理局成立20多年来前所未有的，充分体现了党中央、国务院高度重视和扶持事业发展。
2011年中央财政用于支持全国事业发展的专项资金，一是安排中央预算内专项资金10.22亿元，支持全国70所县级中医
医院标准化建设，2009～2011年，全国共计380余所县级中医医院得到标准化建设，深化医改第一阶段县级中医医院标准化建设任务顺利完成；二是安排深化医改专项资金42.12亿元，组织实施市县级中医院、民族医院能力建设，共支持县级中医医院1814所，包括中西部地区22个省（区、市）和新疆生产建设兵团1663所；东部地区9省（市）陆路边境县、少数民族县、扶贫县及福建省原中央苏区县、革命老区151所，另外还支持地市级中医医院146所；三是安排部门公共卫生专项资金7.12亿元，支持全国名老中医传承工作室建设、基层常见病多发病适宜技术推广能力建设、
人才能力培训、知识宣传普及、国家基本药物所需原料资源调查和监测以及重点专科建设。