钟东波表示，公立医院改革最基本的问题还是机制上的改变。实行医药分开，破除以药养医是公立医院改革体制机制改革一个特别重要的方面，要通过公立医院改革试点，总结经验，下一步在全国推进医药分开。各地的差异很大，难以全国一刀切推进一种模式，应当允许多种模式，要对不同模式利弊得失、适用条件进行总结评估，推出在全国相对比较可行的方式。

　　钟东波认为，推行医药分开有几个基本观点要梳理，一是医药分开更重要是机制分开，切断医药之间的利益关系，并不是把机构分开。二是医药分开不等于实行药品零加成，像我刚才提到支付方式的改革，收支两条线管理都可以达到医药分开的效果。三是医药的分开，这个“医”不仅是医疗机构，还有医生，所有医疗行为最后都要落到每个医生，对机构的激励机制理顺之后，对医生激励机制的理顺也很重要。医生的薪酬制度、考核制度、对处方行为的监管对于医药分开也很关键。四是我们国家现在在发展基本医疗保障，医保对医院有调控制约作用。