中医证候基因组学，是指在证候理论指导下，运用功能基因组学的方法，通过探讨证候，特别是同病异证或异病同证时基因的变异及差异表达情况，揭示与某一证候形成相关的所有基因及其功能，从整体基因表达的水平阐明证候的本质。将中医证候与基因组学进行交叉，一方面有利于从生命活动的本质上揭示证候的本质，另一方面也为功能基因组学的研究提供新的视角与内容，产生具有中国特色的创新性研究成果。
要实现中医证候与功能基因组学的完美交叉，笔者认为需要做到三个统一。
整体与局部的统一
证候的形成是先天体质与后天环境共同作用的结果，是机体对疾病的整体反映，并随着病程的进展发生相应变化，因此我们说证候是宏观的、整体性的；西医学则认为疾病是由于单个基因或多基因调控紊乱而引起，完全从微观、局部的角度阐述发病学机理。所以我们在进行中医证候基因组学研究时，必须考虑到基因组是一个相互联系的整体，从一个机体或一个组织、一个细胞等不同层次“整体”的基因角度来揭示和阐明中医证候形成与发展的基本规律，只有这样才不会走向局部的还原论，而保持中医的整体特色。
经验与实验的统一
目前对于证候的评价有八纲辨证、脏腑辨证、经络辨证、气血津液辨证、六经辨证、卫气营血辨证等，一方面由于中医证候的辨证标准尚不统一，各学者的辨证观点不尽相同；另一方面由于对证候的把握很大程度上依赖于医家对中医文化的理解及临床经验的积淀，因此，在主观上对同一
疾病得出不同的辨证分型就在所难免，影响了中医证候的客观化、
标准化、量化。中医证候基因组研究，则可以利用基因芯片等技术，发现不同证候基因表达谱之间的差异，了解基因表达调控的共性与个性，从而确定证候相关基因，有助于证候量化标准的建立。
治人与治病的统一
中医学在治疗疾病过程中，注重的是对人体功能的恢复、新平衡的建立以及证候的宏观变化，而西医学关注更多的是对某一指标、某一结构的客观改变。中医证候基因组学研究，必须做到治病与治人的统一、结构与功能的统一，在研究中医对证候改善的同时，探索是否在调控、修饰疾病的相关（易感）基因表达及表达产物上发挥着重要作用。只有在临床中将二者结合起来，相互促进才能有助于
中医药的现代化。