吴昆（1552～1620年），字山甫，号鹤皋山人，安徽歙县人，明代著名医家。吴昆出身世医之家，师从余午亭，精审脉法，通晓针灸方药，“所至声名籍籍，活人无论数计”。其著作有《医方考》、《脉语》、《素问吴注》、《针方六集》等。现主要根据《针方六集》，对吴昆的针灸学术思想作一初步探讨。
针药同理
针灸与药物是中医治疗的重要手段。但由于种种原因，人们往往重方药而轻针灸。吴昆在深入研究《内经》的基础上，对针灸与药物两种疗法进行比较，在《针方六集•旁通集》中系统地阐发了“针药二途，理无二致”的观点。
针药兼施
既然针灸与方药治病机理相同，那么在临证时，就可以根据疾病的具体情况，结合针药之长短，当针则针，当药则药，当针药配合则针药兼施，辨证论治。吴昆还在《针方六集》卷二的《八法针方》、卷四的《揆八法》中，总结出针药兼施的范例。
五门主治
在《针方六集》卷二中，吴昆根据《内经》、《难经》的五输理论，将脏腑辨证与经络辨证有机结合，演绎成五脏六腑十二经脉的五输主病，即按五脏六腑十二经脉分别取五输穴的五门主治说。这里的“五门”，指十二经的井荥输经合穴，因其流注气血，开合如门户而名。
修《金针赋》
《金针赋》始载于徐凤的《针灸大全》，其中提出了烧山火、透天凉、青龙摆尾、白虎摇头等复合针刺手法，对后世影响较大。吴昆认为《金针赋》虽不失为关于针刺手法的重要文献，但亦存在谬失之处。东垣著《内外伤辨》，救认证之谬，丹溪作《局方发挥》，救用方之失，吴氏仿之，著“修《金针赋》”，附于《针方六集•旁通集》。