投喂EM的饵料或用EM喷洒水体，可是机体内某些酶的活性提高或降低，从而改变有害微生物的生存环境，不利其生长，同时还能刺激鱼、蟹、虾珍珠蚌的免疫系统，增加其消化和抗病抗应激能力。EM能在一定程度上改善机体的微生态环境，促进鱼体的摄食、消化和吸收，使鱼类表现出较佳的生理状态（血液学指标明显改善、耗氧率下降），从而具备较高的抗逆性（如抗病、抗低氧等）。

EM为畜禽提供多种生物活性物质，可有效抑制或消除机体内的病原菌（如大肠杆菌、沙门菌、志贺菌等）的生长，是有益菌群增加，增加机体的免疫力，提高抗病、抗应激能力，降低畜禽的发病率和死亡率，促进动物健康生长，使得养殖过程中少用或不用抗生素或其它化学药物。

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